隨著液態(tài)活檢的快速發(fā)展,采用體液對患者的分子特征進行分析成為可能,特別是基于循環(huán)腫瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)的高通量測序(next generation sequencing,NGS)技術(shù),因其無創(chuàng)或微創(chuàng)、檢測時間短、能夠反映瘤內(nèi)和轉(zhuǎn)移灶異質(zhì)性、可動態(tài)監(jiān)測治療療效等優(yōu)勢而在臨床得到越來越廣泛的應(yīng)用。與腫瘤組織樣本相比,采用ctDNA進行基因檢測在樣本收集和處理、檢測技術(shù)要求、結(jié)果解讀和臨床應(yīng)用等方面存在諸多不同,且目前國內(nèi)尚缺少ctDNA基因檢測標準,因此限制了其在臨床上的規(guī)范應(yīng)用。
為此,中國抗癌協(xié)會腫瘤標志專業(yè)委員會組織國內(nèi)腫瘤臨床、病理、檢驗、生物信息分析和高通量檢測領(lǐng)域?qū)<遥瑓⒖紘鴥?nèi)外 ctDNA 臨床應(yīng)用共識、指南和最新文獻,結(jié)合國內(nèi)外現(xiàn)有的高通量測序技術(shù)要求和臨床實踐,從ctDNA的生物學特征、臨床應(yīng)用價值和范圍、高通量檢測的標準要求及其未來發(fā)展趨勢等方面提出本共識,以促進ctDNA NGS的健康規(guī)范發(fā)展。
ctDNA概述
專家共識1
ctDNA是由腫瘤細胞主動分泌或腫瘤細胞在凋亡或壞死過程中釋放入循環(huán)系統(tǒng)的DNA片段;其豐度受多種因素影響,波動較大,在內(nèi)外因素特別是治療壓力下,其攜帶的生物信息可能會發(fā)生演變,且受正常細胞胚系變異或克隆性造血細胞體系突變干
擾,在臨床檢測和報告解讀過程中應(yīng)特別注意。
ctDNA NGS檢測的臨床應(yīng)用
1、ctDNA NGS檢測在腫瘤伴隨診斷中的價值
專家共識2:目前已有臨床證據(jù)支持ctDNA NGS檢測可應(yīng)用于肺癌、乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌等晚期實體腫瘤的伴隨診斷,但涉及的驅(qū)動基因及其變異類型與相應(yīng)分析體系均有嚴格限定,若超適應(yīng)癥應(yīng)用時,建議與患者就檢測必要性、檢測費用以及局限性等內(nèi)容進行充分知情。ctDNA NGS檢測已被國內(nèi)外專家共識或指南建議作為多種晚期惡性腫瘤組織基因檢測的替代方式,但依據(jù)其分析結(jié)果實時制定臨床治療策略時仍需高級別循證證據(jù)支持。
2、ctDNA NGS檢測對腫瘤治療療效評估及預(yù)后風險分層的價值
專家共識3:晚期實體腫瘤分子靶向或免疫檢查點抑制劑治療開始后,基于NGS檢測的ctDNA水平定量和動態(tài)變化分析,有望成為新興的療效評估途徑。ctDNA MRD檢測是全新的個性化技術(shù)應(yīng)用領(lǐng)域,尚難以建立通用性技術(shù)標準,亟待通過大樣本、多中心、前瞻性的臨床試驗驗證其臨床效用。ctDNA NGS檢測在臨床上用于靶向或免疫治療評估和分層時,建議就檢測價值、局限性和費用等進行充分知情。
3、ctDNA NGS檢測用于腫瘤獲得性耐藥機制分析的價值
專家共識4:在臨床環(huán)境中,ctDNA NGS檢測可用于識別分子靶向治療的耐藥機制,尤其對于疑難復(fù)雜的腫瘤患者,該結(jié)果有助于后續(xù)的治療選擇決策。免疫檢查點抑制劑治療獲得性耐藥機制復(fù)雜,治療選擇壓力下的腫瘤亞克隆演進僅為其部分原因,ctDNA靶向測序、全外顯子和(或)全基因組檢測僅作為其轉(zhuǎn)化研究工具之一。
ctDNA NGS檢測的標準
專家共識5
ctDNA NGS檢測實驗室質(zhì)量管理需貫穿全程,ctDNA收集、樣本處理和自動化過程應(yīng)按照標準化和臨床驗證程序進行,最大程度防范因操作差異而引發(fā)的假陰性可能。樣本采集建議采用含細胞穩(wěn)定劑的抗凝管,盡快完成血漿分離,提取的cfDNA建議在24 h內(nèi)進行后續(xù)檢測,否則,置于-30 ℃至-15 ℃下儲存并避免反復(fù)凍融。
專家共識6
ctDNA NGS檢測應(yīng)根據(jù)項目需求選擇技術(shù)路線,可依據(jù)檢測基因數(shù)量及覆蓋范圍大小選擇不同測序策略。在進行基于ctDNA的超高靈敏度突變檢測時,建議使用分子標簽技術(shù)和優(yōu)化對應(yīng)的生物信息分析設(shè)置,以降低由于測序平臺隨機誤差導(dǎo)致的假陽性結(jié)果;建議通過建立測序噪音和克隆性造血背景庫的方法降低克隆性造血及背景噪音帶來的影響。
專家共識7
ctDNA NGS臨床檢測報告應(yīng)包含受檢者基本信息、樣本信息、實驗室信息、檢測項目、檢測結(jié)果及變異解讀、檢測方法的實驗室內(nèi)部驗證結(jié)果、檢測局限性及不確定性以及進一步檢測的建議等內(nèi)容。實驗室應(yīng)建立報告SOP,建議根據(jù)國內(nèi)外文獻、共識指南、臨床試驗證據(jù)和實踐對檢出的腫瘤基因突變進行分類或分級報告。
ctDNA NGS檢測臨床應(yīng)用展望
基于ctDNA NGS檢測的bTMB具有免疫檢查點抑制劑療效預(yù)測價值,但仍有諸多因素影響bTMB檢測在臨床中的應(yīng)用,未來還需開展更多的前瞻性臨床研究。機器學習等人工智能算法不僅能降低假陽性、提高靈敏度,還能有效整合多維度的異質(zhì)信息進行全面分析,大幅提高ctDNA數(shù)據(jù)效力,是ctDNA數(shù)據(jù)分析的主要方向。
全國共有49家實驗室報名參加,其中45家提交有效結(jié)果,僅23家通過評價活動,通過率為51.1%。
由中國臨床腫瘤學會(CSCO)主辦的"2020年中國臨床腫瘤學年度進展研討會"近日于線上順利召開,會上專家學者們對2020CSCO消化道腫瘤指南更新做了總結(jié),近幾年頗受關(guān)注的免疫治療在新版指南中地位突顯,地位相較于舊版指南有所提升。
由伯明翰大學癌癥研究中心英國臨床試驗小組領(lǐng)導(dǎo)的一項開拓性的肺癌研究強調(diào)了下一波精準醫(yī)學研究,特別是治療基因組復(fù)雜癌癥需要考慮的重要因素。